Nithyananda nasceu no dia 1 de janeiro de 1978, em Tiruvannamalai, Tamil Nadu (Sul da Índia), cidade onde se localiza um grande centro espiritual geográfico, muito famoso, chamado "Arunachala Hill", previu-se, pelos conhecimentos astrológicos, que ele se tornaria um ser iluminado. Recebeu de seus pais o nome de Rajashekaran.
Foi treinado desde os 3 anos de idade em todas as técnicas de yoga, desde posturas, respiração, purificação, até de concentração e meditação, por um mestre yogue muito sério e austero, chamado Yogiraj MahArshi Raghupati Yogi, o que lhe conferiu até mesmo o poder de suportar, posteriormente, fisica e mentalmente, situações extremas de sede e fome.
Nithyananda conta que, por volta dos dez anos de idade ele costumava ir ao Templo da montanha Arunachala, local onde há também o Ashram onde viveu o grande Sri Bhagawan Ramana MahArshi, para estar próximo e receber ensinamentos de um Mestre iluminado, chamado Annamalai Swamigal, que havia sido discípulo muito próximo do grande Ramana. Tão próximo que uma de suas funções era ajudar a dar banho ao Mestre. Annamalai contara a Nithyananda, em um desses encontros, que tocava o corpo de Sri Ramana para dar-lhe banho, e achava muito estranho o fato de todas as pessoas o chamarem "Bhagawan" (Deus) e ele, quando o tocava, sentia apenas estar tocando em um corpo simples, normal. Não havia nada de excepcional no corpo do Maharshi, e as pessoas o chamavam de Deus. Até que, num dado momento, contou que, num banho em que ajudava a dar em Bhagavan, o Grande Guru o tocou e, simplesmente ele entrou em Samadhi. Entrou num estado de iluminação e nunca mais saiu desse estado. A partir daí, deixou todas as funções de discípulo próximo do Mestre e foi viver numa área próxima ao Ashram, em meditação, em plenitude com o Ser.
Assim, Nithyananda ia sempre aos dez anos, ver este tão bem-aventurado discípulo do grande Ramana Maharshi, que se tornou mestre pelo simples toque da Graça Divina de Bhagawan.
Ele conta que, num desses encontros o guru Annamalai falava a seus discípulos a respeito do Ser (ATMA), que é livre de prazeres e dores, livre de tristezas, que não pode ser queimado pelo fogo, nem molhado pela água, que é indescritível, para além das palavras, etc, assim como é ensinado no Bhagavad Gita, por Krishna a Arjuna.
Nithyananda, ainda com 10 anos de idade, apenas(!), resolveu testar a filosofia ensinada em si mesmo. Foi para casa e, prá ver se realmente estava livre de sentir dor, pegou uma faca e cortou sua perna. Obviamente que sentiu dor, precisou ser levado para o hospital e receber 13 pontos pelo estrago que cometeu. Depois de alguns dias, voltou ao guru reclamando: "-Olha só isso, o senhor me disse que somos livres da dor e do sofrimento, e agora estou sentindo dor!" - ao que o mestre lhe respondeu com uma sugestão de prática meditativa: "-Tente encontrar a fonte de onde você está sentindo a dor. Faça essa meditação". Não satisfeito, o menino retrucou: "- Agradeço muito pela sua bênção e pela iniciação que está me dando, mas o senhor podia ter me ensinado essa técnica antes de eu me cortar, não é mesmo!?". O mestre, então, lhe devolveu uma mesagem de esperança e muito inspiradora: "Não se incomode com essa dor, meu filho, a sua coragem por experimentar a verdade o libertará. Confie e deixe nas mãos de Bhagavan (Deus). Apenas medite como te expliquei".
Assim, casualmente, o menino passou a praticar a técnica que o mestre lhe ensinara. Sempre tentando encontrar a fonte da sensação, a fonte do "eu". Um dia, meditando sobre uma rocha, na montanha de Arunachala, num dia de celebrações religiosas, num final de tarde, período do dia este, chamado de "sandhya". 'Sandhya' é o período mais ou menos compreendido entre 16h30min. a 18h30min., ou seja, a passagem do dia para a noite - estava ele, neste momento, meditando, tentando encontrar a fonte dos pensamentos, e do 'pensamento-eu', assim como prescrevia também o grande Sri Ramana Maharshi, até que, de repente, aconteceu-lhe um intenso evento interior. Sentiu ser puxado para dentro de si mesmo numa imensa abertura de um espaço interior e, de repente, de olhos fechados, podia enxergar, toda a área em que se encontrava, em 360 graus! Lados, frente, atrás, acima, abaixo. Podia ver todas as pedras, rochas, árvores, insetos, tudo! E tudo com uma intensidade absurdamente grande. É uma experiência que, para nós, é algo inimaginável, inacreditável! Permanecia completamente consciente. Sentia-se não só completamente vivo por debaixo de sua própria pele, mas também, vivo em todas as coisas que podia enxergar, em tudo à sua volta! Uma experiência de extrema solidez e intensidade, conta ele. Depois de horas nesse estado, quando, em algum momento sentiu que podia movimentar um pouco o corpo, foi descendo da rocha em que se sentava. E à medida que ia voltando um pouco mais à "normalidade" de antes, começou a ficar apavorado por achar que talvez tivesse sido possuído por algum fantasma. Correu para casa e contou sua história à sua mãe que o ouviu atentamente e respondeu: "-Fique tranquilo, você não está possuído por nenhum fantasma, você está possuído por Deus!". Assim, sentiu-se mais tranquilo e encorajado. Por três dias, não conseguia comer absolutamente nada, pois continuava a sentir-se vivo em todas as coisas! Como podia engolir algo que era sua própria vida?? O corpo não aceitava nada que lhe dessem. Era como se tentasse enfiar seu próprio dedo guela a baixo e tentasse engolí-lo, conta NithyAnanda sempre muito bem humorado.Bom, para tentar resumir, essa experiência o inspirou a deixar tudo para trás, já com a idade de 17 anos. Assim, comunicou à sua mãe a decisão de deixar sua família, a escola, etc, para viver, como renunciante, levando consigo apenas a roupa do corpo e uma vasilha para comida, em busca de estar perto de grandes mestres e aprender mais e mais com eles, estudar as escrituras védicas e praticar cada vez mais meditação. Andou por toda a Índia caminhando, literalmente, do sul ao norte e de leste a oeste, esteve nos Himalayas, no Nepal e no Tibet, inclusive na Caxemira, estudou Tantra, Shaivismo da Caxemira, Vedanta, etc, etc. Até que, atingiu, no dia 1 de janeiro de 2000, aos 22 anos, o estágio último da iluminação plena e recebeu o título de "Paramahamsa" (título concedido a todo homem completamente realizado).